课程目录

全部 12 章

32 讲 · 211 集 · 选择一章开始

课程介绍

说明开设这门课的动机。

3:08BilibiliYouTube

  1. 第1章Introduction and Basics2 讲 · 13 集
  2. 第2章Sequencing1 讲 · 8 集
  3. 第3章Sequence alignments2 讲 · 16 集
  4. 第4章Genetic associations1 讲 · 9 集
  5. 第5章Molecular evolution6 讲 · 38 集
  6. 第6章Phylogenetic trees5 讲 · 29 集
  7. 第7章Statistical testing2 讲 · 9 集
  8. 第8章Traits and comparative methods2 讲 · 13 集
  9. 第9章Phylodynamics7 讲 · 45 集
  10. 第10章Bayesian inference2 讲 · 14 集
  11. 第11章Phylogenetic networks1 讲 · 9 集
  12. 第12章Opportunities and challenges1 讲 · 8 集
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第1章 · 第1讲

从基因组数据,重建看不见的演化史

Introduction and Basics · 印刷页 1-19 · 共 8 集

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本讲内容

  1. 第1集 课程说明:源书、范围、前置基础与使用方式 5:13BilibiliYouTubeSlides
  2. 第2集 看不见的过程:为什么必须做统计推断 4:31BilibiliYouTubeSlides
  3. 第3集 同一套框架,六个应用领域 2:42BilibiliYouTubeSlides
  4. 第4集 从 sample 到 phylodynamics:全书的流水线 2:15BilibiliYouTubeSlides
  5. 第5集 演化理论自身的修订史:Lamarck → Darwin → Mendel → Weismann 2:23BilibiliYouTubeSlides
  6. 第6集 Selection 之外:drift、gene flow 与 modern synthesis 2:14BilibiliYouTubeSlides
  7. 第7集 Heredity 的物质载体:DNA、central dogma 与 codon 2:45BilibiliYouTubeSlides
  8. 第8集 Variation 从哪里来:replication errors 与 Darwin today 3:05BilibiliYouTubeSlides
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第1章 · 第2讲

概率:把不确定性变成可以计算的对象

Introduction and Basics · 印刷页 19-25 · 共 5 集

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本讲内容

  1. 第1集 从 sample space 到 random variable:它是 Ω 上的 function 视频待发布
  2. 第2集 Distribution 的位置、尺度与共同变化 视频待发布
  3. 第3集 Conditional probability 会改变有效的 sample space 视频待发布
  4. 第4集 从计数到 binomial distribution 视频待发布
  5. 第5集 统计学把箭头掉过来:p-value 是 null 之下的 tail probability 视频待发布
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第2章 · 第1讲

测序技术:从一代到三代,你手上那条序列从何而来

Sequencing · 印刷页 27-44 · 共 8 集

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本讲内容

  1. 第1集 从生物样本到 library:样本制备与测序词汇 视频待发布
  2. 第2集 PCR:三温度循环与 2ⁿ 扩增 视频待发布
  3. 第3集 第一代 Sanger sequencing:chain termination 与 gel 读序 视频待发布
  4. 第4集 第二代总览与 emulsion PCR:不靠细菌完成 separation 视频待发布
  5. 第5集 454 与 Ion Torrent:「灌注—检测」架构与 homopolymer 问题 视频待发布
  6. 第6集 SOLiD:sequencing by ligation 与 two-base colour code 视频待发布
  7. 第7集 Illumina:bridge amplification 与 reversible terminator 视频待发布
  8. 第8集 第三代 single-molecule 测序,与三代之间的取舍 视频待发布
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第3章 · 第1讲

精确的成对比对 —— 从组合爆炸到 dynamic programming

Sequence alignments · 印刷页 45-56 · 共 9 集

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本讲内容

  1. 第1集 同源性:orthologue、paralogue,与 alignment 列的「正确」标准 视频待发布
  2. 第2集 global vs local alignment,以及 §3.1 的四条路线 视频待发布
  3. 第3集 dot-matrix:把相似性画出来 —— 以及它为什么不算 alignment 视频待发布
  4. 第4集 scoring scheme:位点独立性与 match/mismatch/gap = 3/−1/−2 视频待发布
  5. 第5集 穷举法与 Theorem 3.1.1:alignment 数目的组合爆炸 视频待发布
  6. 第6集 dynamic programming 思想与 NW 递推式 Equation (3.1) 视频待发布
  7. 第7集 手填 NW score matrix 与沿箭头回溯重建 alignment 视频待发布
  8. 第8集 Box 7:Landau 符号,与 NW 的 O(nm) 视频待发布
  9. 第9集 Smith-Waterman:Equation (3.2) 中 0 项的作用 视频待发布
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第3章 · 第2讲

当精确解太慢 —— BLAST、MSA 与 assembly 的 heuristics

Sequence alignments · 印刷页 57-68 · 共 7 集

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本讲内容

  1. 第1集 BLAST 第一步:用 BLOSUM62 建 word list 视频待发布
  2. 第2集 BLAST 第二、三步:扫库与 word extension 的停止规则 视频待发布
  3. 第3集 MSA 问题、SP score,与 mk 的不可行性 视频待发布
  4. 第4集 progressive alignment:guide tree 与 k−1 次成对比对 视频待发布
  5. 第5集 当 MSA score 本身就是问题:consistency、PRANK 与联合估计 视频待发布
  6. 第6集 有参考基因组:seed-and-refine、hash table 与 BWT/FM-index 视频待发布
  7. 第7集 无参考基因组:OLC 与 de Bruijn graph 视频待发布
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第4章 · 第1讲

GWAS:把一张 2×2 contingency table 变成 genome-wide significant 的 p-value

Genetic associations · 印刷页 69-81 · 共 9 集

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本讲内容

  1. 第1集 SNP 与 GWAS 的问题设定 视频待发布
  2. 第2集 case-control 设计与 odds ratio 视频待发布
  3. 第3集 contingency table 的 null model:hypergeometric 分布 视频待发布
  4. 第4集 Fisher's exact test:精确解与尾和的不可行性 视频待发布
  5. 第5集 Normal 与 Γ 分布:χ² 的两个基础 视频待发布
  6. 第6集 χ² distribution:从 normal 平方和到 Γ(n/2, 1/2) 视频待发布
  7. 第7集 Pearson's χ²-test:为什么 df = 1 而不是 4 视频待发布
  8. 第8集 AMD 的检验结果:S = 21.34、Manhattan plot 与 Bonferroni correction 视频待发布
  9. 第9集 GWAS 的边界:causation、linkage 与 population structure 视频待发布
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第5章 · 第1讲

从 mutation 到 rate matrix:连续时间 substitution model 的地基

Molecular evolution · 印刷页 83-99 · 共 9 集

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本讲内容

  1. 第1集 我们建模的是 mutation,还是 substitution? 视频待发布
  2. 第2集 Rate matrix Q:把瞬时规则写进 generator 视频待发布
  3. 第3集 先把 ex = lim(1+x/n)n 证出来 视频待发布
  4. 第4集 从 fixed rate 到 exponential waiting time 视频待发布
  5. 第5集 从 Q 得到 small-time transition matrix 视频待发布
  6. 第6集 Master equation 如何把 tiny step 推到任意时间? 视频待发布
  7. 第7集 Matrix exponential 实际怎样算? 视频待发布
  8. 第8集 Discrete Bernoulli process 怎样变成 Poisson process? 视频待发布
  9. 第9集 为什么 sequence evolution 是 Markov chain? 视频待发布
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第5章 · 第2讲

JC69 与 K80:手算把 P(t) 解出来

Molecular evolution · 印刷页 99-104 · 共 7 集

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本讲内容

  1. 第1集 JC69:整个矩阵只由一个 λ 决定 视频待发布
  2. 第2集 怎么求特征值与特征向量:对角化的机械流程 视频待发布
  3. 第3集 手算对角化 QJC69:p0(t) 与 p1(t) 从哪来 视频待发布
  4. 第4集 P(t) 随时间怎么走:stationary distribution 与 saturation 视频待发布
  5. 第5集 K80:transition 与 transversion 为什么必须分开 视频待发布
  6. 第6集 手算对角化 QK80:三个 pi(t) 视频待发布
  7. 第7集 用 d 与 κ 重新参数化 K80 视频待发布
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第5章 · 第3讲

常用 nucleotide substitution model 与 time-reversibility:为什么大家用的模型都长成 Q=SΠ

Molecular evolution · 印刷页 104-110 · 共 5 集

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本讲内容

  1. 第1集 从 F81 到 UNREST:同一副骨架,越来越多的自由参数 视频待发布
  2. 第2集 日历时间还是演化时间? 视频待发布
  3. 第3集 Time-reversibility 与 detailed balance 视频待发布
  4. 第4集 Theorem 5.3.3:Q reversible ⟺ Q = SΠ 视频待发布
  5. 第5集 Corollary 5.3.4:reversible 的 Q 一定可对角化、特征值为实数 视频待发布
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第5章 · 第4讲

距离估计:从 p-distance 到 MLE 与 confidence interval

Molecular evolution · 印刷页 111-118 · 共 7 集

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本讲内容

  1. 第1集 所有这些模型共享的那个假设:位点独立演化 视频待发布
  2. 第2集 为什么数差异会低估距离 视频待发布
  3. 第3集 Method of moments:把 p(d) 反解成 d 的估计量 视频待发布
  4. 第4集 把同一份数据写成 likelihood 视频待发布
  5. 第5集 什么是 maximum likelihood estimator 视频待发布
  6. 第6集 Confidence interval:log-likelihood ratio 与 Wilks 定理 视频待发布
  7. 第7集 合起来:d 的 MLE 与它有多不确定 视频待发布
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第5章 · 第5讲

放宽两个假设:among-site rate variation 与 amino acid 模型

Molecular evolution · 印刷页 119-126 · 共 5 集

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本讲内容

  1. 第1集 用 Γ(α,α) 让每个位点有自己的速率 视频待发布
  2. 第2集 Theorem 5.5.1:忽略 rate variation 一定低估距离 视频待发布
  3. 第3集 实践中怎么做:discrete rate categories 与 +I 视频待发布
  4. 第4集 20 个状态:empirical 与 mechanistic 两条路 视频待发布
  5. 第5集 Amino acid 版的 JC69 距离 视频待发布
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第5章 · 第6讲

Codon 模型与 dN/dS:把 selection 量出来

Molecular evolution · 印刷页 126-133 · 共 5 集

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本讲内容

  1. 第1集 61 个状态的 codon 模型:κ 与 ω 视频待发布
  2. 第2集 为什么不能直接比较 non-synonymous 与 synonymous 差异 视频待发布
  3. 第3集 第 1 步:数差异 Nd 与 Sd(含 pathway 取平均) 视频待发布
  4. 第4集 第 2 步:数 sites N 与 S(含 stop codon 的处理) 视频待发布
  5. 第5集 第 3 步:用 JC69 修正隐藏替换,得到 dN/dS 视频待发布
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第6章 · 第1讲

系统发育树的数学语言:定义、Newick,与为什么穷举必然失败

Phylogenetic trees · 印刷页 135-146 · 共 6 集

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本讲内容

  1. 第1集 树的解剖:物种树 vs 病原体树 视频待发布
  2. 第2集 形式定义:degree、rooted/unrooted、ultrametric、cherry、clade 视频待发布
  3. 第3集 Newick 格式:树的递归字符串编码 视频待发布
  4. 第4集 数枝条:bn = 2n−3 与数学归纳法三步模板 视频待发布
  5. 第5集 数树:τn = (2n−5)!! 与 O(en ln n) 的超指数爆炸 视频待发布
  6. 第6集 三条路线与全章的 toy MSA 视频待发布
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第6章 · 第2讲

Phenetic 路线:距离矩阵、UPGMA,与 least squares 的代价

Phylogenetic trees · 印刷页 146-154 · 共 5 集

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本讲内容

  1. 第1集 距离矩阵:Hamming vs JC69 视频待发布
  2. 第2集 UPGMA:pseudocode 与三次 iteration 手跑 视频待发布
  3. 第3集 UPGMA 的还原定理 (Thm 6.3.1) 视频待发布
  4. 第4集 Least squares 判据与 statistical consistency (Box 27, Thm 6.3.2) 视频待发布
  5. 第5集 P、NP、NP-complete、NP-hard (Box 28) 视频待发布
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第6章 · 第3讲

Cladistic 路线:parsimony score、Fitch 算法,与 long branch attraction

Phylogenetic trees · 印刷页 155-164 · 共 6 集

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本讲内容

  1. 第1集 Parsimony score:定义与手工赋值 视频待发布
  2. 第2集 Parsimony 分不出 rooting 视频待发布
  3. 第3集 Fitch 算法:用 DP 击穿 4n−1 视频待发布
  4. 第4集 Fitch 算法的正确性证明 (Thm 6.3.3) 视频待发布
  5. 第5集 跑完三棵树:5 / 7 / 7 视频待发布
  6. 第6集 Long branch attraction:parsimony 为何 statistically inconsistent 视频待发布
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第6章 · 第4讲

Probabilistic 路线:phylogenetic likelihood、Felsenstein pruning,与 pulley principle

Phylogenetic trees · 印刷页 164-171 · 共 6 集

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本讲内容

  1. 第1集 把树当参数:L(T, Q; D) = P(D \| T, Q) 视频待发布
  2. 第2集 Brute force:对 4n−1 个内部状态求和 视频待发布
  3. 第3集 Felsenstein pruning:让求和号往树下移 视频待发布
  4. 第4集 在 K80 上把 pruning 跑成数字 视频待发布
  5. 第5集 maximum-likelihood 的代价与它的保证 视频待发布
  6. 第6集 Pulley principle:time-reversibility ⇒ root 放哪都一样 视频待发布
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第6章 · 第5讲

从 unrooted 树到 time tree:定根、定时、搜索树空间,以及它到底回答了什么

Phylogenetic trees · 印刷页 172-184 · 共 6 集

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本讲内容

  1. 第1集 用 outgroup 定根 视频待发布
  2. 第2集 d = r·t:clock rate 与绝对时间不可同时辨识 视频待发布
  3. 第3集 从异时采样里挖 clock signal:root-to-tip 回归与 LSD 视频待发布
  4. 第4集 搜索树空间:hill climbing 与 NNI / SPR / TBR 视频待发布
  5. 第5集 HIV 的起源:nested clades 如何定出动物源 视频待发布
  6. 第6集 传播簇与法庭:树能证明什么、不能证明什么 视频待发布
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第7章 · 第1讲

拒绝一个模型:likelihood ratio test 及其陷阱

Statistical testing · 印刷页 185-191 · 共 4 集

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本讲内容

  1. 第1集 为什么要比较两个模型:likelihood ratio 与 nested models 视频待发布
  2. 第2集 LRT 的判定规则:α-tail、3.84 与掷骰子的实证检验 视频待发布
  3. 第3集 把 LRT 用到 substitution models:ModelTest 决策树及其两个陷阱 视频待发布
  4. 第4集 Type I / Type II error:accuracy 与 power 的取舍 视频待发布
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第7章 · 第2讲

选模型、给误差棒:AIC 与 bootstrap 组成的 maximum-likelihood 工作流

Statistical testing · 印刷页 191-200 · 共 5 集

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本讲内容

  1. 第1集 AIC:为什么需要非 nested 的判据,以及 2p 惩罚项 视频待发布
  2. 第2集 ΔAIC 与自由参数计数:2n−3 条枝长、模型参数减一 视频待发布
  3. 第3集 把 LRT 反过来读:confidence interval 与 profile likelihood 视频待发布
  4. 第4集 当 χ² 近似不可信时:重复实验、non-parametric 与 parametric bootstrap 视频待发布
  5. 第5集 树的不确定性:bootstrap MSA 与 clade support 视频待发布
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第8章 · 第1讲

忽略系统发育,就会凭空造出相关性

Traits and comparative methods · 印刷页 201-208 · 共 5 集

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本讲内容

  1. 第1集 comparative methods 的术语与前提:association 不等于 correlation 视频待发布
  2. 第2集 在 tips 上做 Fisher's exact test:眼色 × 羽色的「显著」相关 视频待发布
  3. 第3集 改在 branches 上数变化:显著性的反转 视频待发布
  4. 第4集 连续性状版的同一个陷阱:linear regression 与 R² 视频待发布
  5. 第5集 斜率的 t 检验:那个 2.49×10⁻⁶ 是怎么来的 视频待发布
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第8章 · 第2讲

Felsenstein 的 independent contrasts:把系统发育的影响从数据里剔除

Traits and comparative methods · 印刷页 209-222 · 共 8 集

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本讲内容

  1. 第1集 Brownian motion / Wiener process:树上的 null model 视频待发布
  2. 第2集 两个 lemma:把 node 值拆成 independent increments 视频待发布
  3. 第3集 cherry contrast:第一个独立变量 视频待发布
  4. 第4集 剪枝之一:新 tip 该取什么 trait 值?解出 f 视频待发布
  5. 第5集 剪枝之二:新 tip 该接多长的枝?t̂₆ 与不确定性的等价时间 视频待发布
  6. 第6集 两个假设其实都不要紧:为何可以取 σ=1、root=0 视频待发布
  7. 第7集 真实数据上的 contrasts:假相关消失,以及 Martin (1995) 的鸟类生活史 视频待发布
  8. 第8集 null model 的边界:OU 过程,与 GWAS 的 ultrametric star tree 视频待发布
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第9章 · 第1讲

Birth–death 过程的 master equation:从 p(0|t) 到 p(n|t)

Phylodynamics · 印刷页 223-231 · 共 5 集

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本讲内容

  1. 第1集 什么是 phylodynamics:从 past state 到 past process 视频待发布
  2. 第2集 constant rate birth–death model:deterministic 与 stochastic 两种读法 视频待发布
  3. 第3集 p(0\|t):master equation 的推导模板 视频待发布
  4. 第4集 p(1\|t):为什么第一步不能死,以及那个因子 2 视频待发布
  5. 第5集 Theorem 9.1.1:p(n\|t) 的归纳法证明与 geometric 解读 视频待发布
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第9章 · 第2讲

从随机过程到可观察的树:sampling model、tree topology 与 LTT plot

Phylodynamics · 印刷页 232-243 · 共 6 集

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本讲内容

  1. 第1集 sampling model:ρ、ψ、r,以及 sampled ancestors 视频待发布
  2. 第2集 Theorem 9.1.3:为什么 tree topology 不含 β、δ 的信息 视频待发布
  3. 第3集 Theorem 9.1.4:N(t)=e(β−δ)t,以及 LTT plot 的定义 视频待发布
  4. 第4集 Theorem 9.1.5:complete LTT 与 push-of-the-past 视频待发布
  5. 第5集 Theorem 9.1.6:phylogenetic LTT 与 pull-of-the-present 视频待发布
  6. 第6集 用两条回归线估 β 与 δ:为什么它不可靠 视频待发布
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第9章 · 第3讲

Birth–death 的 tree likelihood 与 identifiability

Phylodynamics · 印刷页 244-255 · 共 6 集

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本讲内容

  1. 第1集 oriented tree 与 δ=0 的特例:把树写成 exponential 与 rate 的乘积 视频待发布
  2. 第2集 p(t,x₁):用 ODE 代替对 unobserved subtree 求和 视频待发布
  3. 第3集 Theorem 9.1.7 与 Cor 9.1.8/9.1.9:oriented、labelled、branching-times 三种密度 视频待发布
  4. 第4集 放松基准假设:ψ>0、ρ<1、时变 rate,以及从 sequence 出发的积分 视频待发布
  5. 第5集 三个参数只能识别两个:βρ、β−δ 与 congruence class 视频待发布
  6. 第6集 三个应用:Ebola R₀、SARS-CoV-2 R₀、哺乳动物 diversification 视频待发布
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第9章 · 第4讲

Kingman's coalescent 与 skyline plot

Phylodynamics · 印刷页 256-266 · 共 6 集

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本讲内容

  1. 第1集 Wright–Fisher process 与两个样本的 MRCA 视频待发布
  2. 第2集 coalescence rate:geometric→exponential 极限与 k 条 lineage 的最小值 视频待发布
  3. 第3集 Theorem 9.2.1:coalescent tree 的概率密度 视频待发布
  4. 第4集 E(troot)=2Ng(1−1/n):telescoping 求和 视频待发布
  5. 第5集 N(t):把常数群体大小换成一条轨迹 视频待发布
  6. 第6集 classic skyline plot:非参数推断与闭式 MLE 视频待发布
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第9章 · 第5讲

两个框架的交汇与失效:coalescent ↔ birth–death,以及为什么需要 structure

Phylodynamics · 印刷页 267-277 · 共 6 集

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本讲内容

  1. 第1集 birth–death 的 coalescent 近似:χk(t)=(k choose 2)·2β/I(t) 视频待发布
  2. 第2集 effective population size 到底是什么 视频待发布
  3. 第3集 埃及 HCV:同一份数据、两套模型 视频待发布
  4. 第4集 两套框架的三处真实差异 视频待发布
  5. 第5集 binary tree 之外:polytomy 与 multiple merger 视频待发布
  6. 第6集 population structure 如何改变树的形状 视频待发布
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第9章 · 第6讲

Multi-type birth–death model:同一套手法,多了一个 type 维度

Phylodynamics · 印刷页 278-286 · 共 6 集

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本讲内容

  1. 第1集 multi-type birth–death model 的参数:βij、γij、δi、ψi 视频待发布
  2. 第2集 pi(0\|t) 与 pi(1\|t):带 type 的 master equation 视频待发布
  3. 第3集 gie(t):沿一条 branch 的概率密度如何演化 视频待发布
  4. 第4集 boundary condition 与 Theorem 9.5.1:把 branch 粘成一棵树 视频待发布
  5. 第5集 选错 trait 会发生什么:Rabosky–Goldberg 与 hidden state 视频待发布
  6. 第6集 流感的季节性 Re 与热带 reservoir 视频待发布
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第9章 · 第7讲

Structured coalescent:精确推导、近似,与结构化模型家族

Phylodynamics · 印刷页 287-300 · 共 10 集

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本讲内容

  1. 第1集 structured Wright–Fisher:migration phase 与 reproduction phase 视频待发布
  2. 第2集 deme 内的 coalescence rate:为什么需要 binomial→Poisson 极限 视频待发布
  3. 第3集 用 Bayes 把 migration 倒过来:Mij = qji Nj / Ni 视频待发布
  4. 第4集 branch-typed tree 的概率密度 视频待发布
  5. 第5集 τS=2Ng 与 τD=1/2m+2Ng:解递归关系 视频待发布
  6. 第6集 为什么必须近似:BASTA、MASCOT,与流感的结构化 coalescent 分析 视频待发布
  7. 第7集 neutral trait 模型:把 trait 当成 MSA 的额外一位 视频待发布
  8. 第8集 连续结构:continuous phylogeography 与 spatial Λ-Fleming–Viot 视频待发布
  9. 第9集 当 type 数爆炸:fitness 类别与三条对策 视频待发布
  10. 第10集 ecological 与 SIR 模型:把环境写成额外的 compartment 视频待发布
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第10章 · 第1讲

Bayesian 推断的骨架:从 Bayes' rule 到系统发育联合后验

Bayesian inference · 印刷页 301-310 · 共 7 集

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本讲内容

  1. 第1集 Bayes' rule 的解剖:四个组成部分与那个算不出来的分母 视频待发布
  2. 第2集 把分布放到参数上意味着什么:两种 probability 的解释 视频待发布
  3. 第3集 端到端算一个真后验:JC69 下的成对遗传距离 d 视频待发布
  4. 第4集 Prior 从哪来:自己选,或从上一次分析继承 视频待发布
  5. 第5集 报告不确定性:HPD、CPD,以及 credible interval 为何不是 confidence interval 视频待发布
  6. 第6集 Bayesian 模型选择:posterior odds、Bayes factor 与 Jeffreys 尺度 视频待发布
  7. 第7集 系统发育联合后验 P(T,Q,η\|A,M) 的因子分解与三个独立性假设 视频待发布
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第10章 · 第2讲

MCMC:如何从算不出来的分布中采样

Bayesian inference · 印刷页 311-326 · 共 7 集

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本讲内容

  1. 第1集 为什么 P(A\|M) 算不出来:展开分母,并把后验重写成 f(θ)/Z 视频待发布
  2. 第2集 换一条路:用样本取代对后验密度的直接求值 视频待发布
  3. 第3集 Metropolis-Hastings:用 detailed balance 造一条以后验为 stationary distribution 的链 视频待发布
  4. 第4集 在高斯 target 上跑一条链,并认出该丢掉的 burn-in 视频待发布
  5. 第5集 Mixing 与 ESS:proposal window 过窄与过宽,坏在同一个地方 视频待发布
  6. 第6集 把 MCMC 搬进树空间:提议什么、输出什么、要跑多久 视频待发布
  7. 第7集 三个真实分析:把树的不确定性纳入推断,报告的数字会变 视频待发布
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第11章 · 第1讲

Phylogenetic networks:当演化不是一棵树(recombination、ARG、species network)

Phylogenetic networks · 印刷页 327-344 · 共 9 集

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本讲内容

  1. 第1集 从 tree 到 network:单亲假设为何失效,以及 network 空间为何无限 视频待发布
  2. 第2集 Homologous recombination 的三个来源:crossover、HGT、病毒重组 视频待发布
  3. 第3集 Local trees:重组把一棵树变成一串树,以及 Gubbins 的代价 视频待发布
  4. 第4集 从 Wright-Fisher with recombination 到 coalescent with recombination:φ = r/g 极限 视频待发布
  5. 第5集 读懂一张 ARG:blue / grey / orange 区间与 GMRCA 视频待发布
  6. 第6集 Network 的后验:为何 likelihood 能分解成 local tree likelihood 的乘积,以及为何采样它很难 视频待发布
  7. 第7集 PSMC:为什么一个人的基因组就能重建人类种群史 视频待发布
  8. 第8集 换掉一条分配规则:ClonalOrigin(gene conversion)与 CoalRe(reassortment) 视频待发布
  9. 第9集 Species networks:gene tree 嵌在 species network 里,以及 γ 视频待发布
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第12章 · 第1讲

终章:选对研究单元,整本书的方法就能用 —— 以及它在哪里失效

Opportunities and challenges · 印刷页 345-358 · 共 8 集

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本讲内容

  1. 第1集 选定研究单元:tree、network 还是 GWAS? 视频待发布
  2. 第2集 B 细胞:研究单元换了,模型没换 视频待发布
  3. 第3集 当 tip 是细胞:Ch5 的 substitution model 失效了 视频待发布
  4. 第4集 研究单元甚至不必是生物:语言与人群 视频待发布
  5. 第5集 挑战一:tree space 太大 视频待发布
  6. 第6集 挑战二:序列信息有上限 —— 外部数据怎么进来 视频待发布
  7. 第7集 挑战三:每个 tip 都带 metadata —— 离散成 deme,还是上 GLM? 视频待发布
  8. 第8集 挑战四:模型选得再好,万一全都是错的?—— 兼全课收尾 视频待发布